然而，就在一六四六年八月，洪承畴奉旨招抚各地官员时，来到了福州。洪承畴约郑芝龙密谈，郑芝龙依言而去。
洪承畴问郑芝龙：“你不惜花费钱财助唐王反清复明，是为了什么？”
郑芝龙说：“自然是为了功名利禄！”
洪承畴说：“俗话说，识时务者为俊杰，老朱家气数已尽，你若勉强为之，是逆天意而行。你一事无成不说，还会血本无归。”
郑芝龙想这一年来，自己花钱确实不少，但响应唐王反清复明之士并不多，大多数人都投到鲁王门下了。因此觉得洪承畴的话确有几分道理，却又不甘心如此放弃，便对洪承畴说：“你所说的话确实没错！但如果我继续扶持反清复明大业，还可望有成。然而我若现在放弃，那我以前的钱全白花了。”
洪承畴一听，便知郑芝龙在与自己讨价还价。心里一合计，便有了主意，笑对他说：“你若投诚于我，我有皇上的尚方宝剑，可保你既不亏血本，还能得功名！”
郑芝龙一听，心想：助唐王反清复明是为了功名，投降洪承畴也是为了功名，权衡二者，还是投降洪承畴容易些，而且自己不吃什么亏，郑芝龙便答应了。
郑芝龙答应降清之事，被其子郑成功得知。郑成功觉得父亲为一己之私利，而置国家民族大业于不顾，是大逆不道。他当时便去质问父亲，问他为何投降清兵？父子俩进行了针锋相对的谈话。
郑成功说：“父亲若为财富与功名而投降洪承畴，必落千古骂名！”
郑芝龙说：“若为了不背骂名，而让我损失财富与功名，我是死也不干！”
郑成功说：“父亲，你怎么如此糊涂？”
郑芝龙骂道：“逆子！到底是谁糊涂？背不背个骂名有何关系？从来没有听说有人被骂死的！现在有人骂我，我可以装作没听见，将来有人骂我，我更听不见！”
郑成功说：“父亲是会听不见的，可你的子孙会听见的。”
郑芝龙说：“天下非朱家一人之天下！朱家能得之，别人也能得之！现在朱家的气数已尽，别人取而代之，为何不可？”
郑成功说：“父亲既有现在，又何必当初？”
郑芝龙说：“为父当初助唐王帝业是为了保住郑家之家业，现在降清也是为了保住郑家之家业，为父没有错！”
郑成功见无法劝父亲回心转意，心里极为悲伤，只得闷闷不乐离开父亲。想起自己即将与父亲分道扬镳，心里更加不是个滋味。然而，他实在不能舍弃隆武帝。这不仅是因为他有反清复明的志向，更是因为隆武帝对自己有知遇之恩。
原来郑成功本名郑森材，生于日本平户，母亲是平户土人之女田川氏。郑成功十五岁时，其父郑芝龙召他回国，到南京补弟子员。而当唐王聿键在福州称帝，建元隆武之时，郑芝龙便遣郑成功入见隆武帝。
郑成功依父亲之言前去拜见隆武帝。
隆武帝一见郑成功，便为成功相貌之伟岸，气质之轩昂，头脑之灵巧所折服，认为他是天下奇才，便赐郑成功姓朱，改森材为成功，并拜为中军都督。
郑成功感激涕零，表示要誓死帮隆武帝完成反清复明之大业。
现在，父亲劝他降清，他如何能够背弃信义，做苟且之人？郑成功自幼刚强信义，他宁愿背个不孝之名，也不愿负个不忠之罪。
郑成功想到此处，便又找到父亲郑芝龙，向其陈述其中利害关系。郑芝龙听不进郑成功的意见，反骂郑成功是不孝逆子。
郑成功见他回转无望，便对父亲说：“我若听你之言而降清妖，是对君主不忠；我若效忠明室保卫君主势必与你对立是不孝，如今对我来说，忠孝难两全。我思之，忠君为大，孝父次之，与其两者难全，不如弃其一而为之。我将与父断绝父子关系，一则可解我不孝之罪，二则可洗父以后有逆子之名。”说着，便跪下去，向父亲行了叩头之礼，然后起身离父郑芝龙而去。
郑芝龙见儿子郑成功与自己断绝父子关系，心里再无后顾之忧，便下令撤除对大清兵的一切防御。即使像福建与浙江境上的要道，称作仙霞关的地方，也无一人驻守。
隆武帝得知郑芝龙降清之后，心里乱了方寸。他是倚仗郑芝龙之力才称帝的。如今郑芝龙降清，他便失去了倚仗。作为一个光杆皇帝，他觉得来日无多，终日以泪洗面。
郑成功得知此事，便朝见皇上，并安慰他。
皇上难以相信，说：“你父已降清，你岂能负不孝之名而为朕？”
郑成功便哭着将自己如何与父亲断绝父子关系的过程说了出来。
皇上听了，大受感动，认为郑成功是普天之下最难得的忠义之士。虽与父断绝关系，是为不孝，实则是大孝。皇上感其忠义，便封他为忠孝伯。
后来，清朝贝勒博洛率军前去进攻福州，清兵如入无人之境，长驱直入，一路攻到福州。
隆武帝得知此消息，便由众大臣护逃到建宁，本打算进入湖南倚仗当时已举起反清复明之旗的何腾蛟。但是，天不遂人愿，一六四六年秋，隆武帝在延平被清兵所捉，回到福州被害。
郑成功得知此消息，悲痛欲绝。此后，他与其友陈辉、张进、施显、陈羁、洪旭等以及九十余部下乘船入海，至南澳募兵，得数千人。
一六四七年，即顺治四年，归到鼓浪屿，设高皇帝之位于岛上，与大家一起对着高皇帝的神位发誓，要誓死效忠明室。
三、大明朝廷出现的两个皇帝
一六四六年秋，隆武帝被清兵所执之时，苏观生等大臣护着唐王的弟弟聿粤从福建逃出，一路马不停蹄地奔到了广州。
隆武帝被害的消息传到广州之时，苏观生等人自是悲痛欲绝。聿粤却因此打起称帝的主意来，他认为这是千载难逢的机会，过了这个村，便没了那个店。然而，隆武帝的尸骨未寒，自己也不好意思启这个口。同时，他也不知苏观生等大臣心里是如何想的，他便因此而苦恼，便派一心腹前往苏观生处打探。
而苏观生在悲痛之余，也在想着这个问题。在他看来，国不可一日无君，要想替隆武帝报仇，重新举起反清复明的大旗，必须拥立新君，因此，他想到了聿粤。
恰在此时，聿粤心腹来到苏观生处，一见苏观生悲痛欲望的样子，便也假哭起来。
苏观生见之，觉得奇怪，便问道：“我悲皇帝新亡，你哭什么？”
他说：“我悲我等如无头之鸟，已迷路径，再无出头之日。”
苏观生说：“反清复明大业未竟，我们只有继之，怎么会迷失路径呢？”
他说：“人无头不聚，鸟无头不飞！隆武帝已亡，我们成了无头之鸟群，怎么去完成大业？”
苏观生冲口而出：“难道我们不能另立新君么？”
他说：“立谁呢？”
苏观生说：“拥立唐王弟聿粤。”
聿粤心腹找个借口辞了苏观生，将此事告知聿粤，并嘱咐聿粤到时候该如何应付苏观生。
苏观生想在拥立聿粤之前，再试探他一次。按照苏观生所想，聿粤绝非能够拥立之人。只是因为他是隆武帝之弟，且周围再无别的朱家之人可立，所以不得不考虑他。
苏观生来探视聿粤，聿粤却装病在床。苏观生问他为何病了？聿粤说是因哥新亡悲痛所致。苏观生见他也因此悲伤，心中已有几分好感，他却没有想到，聿粤即便悲伤，也是兄弟之情所牵，是情理之中的事。