杨秀清也考虑到独立水营的需要，在请示了洪秀全之后，便任命罗大纲为水营正丞相。而平时素不做声的韦昌辉，则推荐自己的弟弟韦志俊担任罗大纲的副手。水营大约8000人。
石达开离开太平军的时候，给留下了五百杆洋枪，太平军这一路征战，能打的还有三百多杆。太平军见识了洋枪的厉害，也知道洋枪要集中使用，早有专门成立一个火营的心思。现在既然建水营，洪秀全就顺势提出建火营，并推荐自己的妻弟，天慕赖汉英为火营丞相。赖汉英于是掌率火营全部火枪，以及三门西洋炮（六磅炮），500正兵，300副兵。
长沙之战，太平军使用地道火雷攻击城门，颇有收益。于是专门成立了一个土营，以曾水源为丞相，专管穴地攻城之法。火营大约5000人。
水营、火营、土营三个营的设立，是太平军的战法逐渐转向专业化和合成化的开始。除此以外，太平军还开始推行点检制。
太平军本来的军队编成，是效仿周礼，一军13000人左右，下设五师二十五旅。然而，在实际的操作中，每军从来没有超过2500人，一旦有个好汉来投奔，就给他一个“军帅”的头衔，有的军帅甚至下辖只有一百多人。太平诸王、侯深感指挥不便。
现在在益阳，借着水火土三营的设立，杨秀清也开始整编陆营。也就是说，除去蒙得恩指挥的老营，包括水营、火营、土营在内，青壮部队，一律采用点检——监军编制。
不管队伍什么来路，一律以人数定编制，500人设一监军，两监军为一总制，两总制另加一监军，也就是2500战士，设一名点检，而诸王侯就指挥这些点检。
对于以前给各大头目的军帅头衔不变，但只是作为一级职衔，不再对应具体的部队。
10月4日，杨芳从宁乡“追至苍水铺”，发现太平军己经在益阳沿资江两岸设防，浮桥竣工，舟师严整，摆出了临战姿态。出队接仗，诈败诱敌。清军“追至碧津渡”，正觉得手，太平军三路大军“取齐，登棉花仓，与陆贾山逼近，施放巨炮”，炮火猛烈，人多势众，向陆贾山发动总攻。清军.’不能支，遂溃”，丢下了他们的统帅杨芳。太平军遂聚歼了这支清军，“乘势追杀，自三里桥至石头铺等处，约毙官兵七八百名”，杨芳年迈，无力逃脱包围，投河而死。
清军在1月6日齐抵宁家铺，徐广缙借口清军“无船可渡，各镇追剿之军一时不能绕出贼前”。太平军“既已掳船，则水路可自龙阳至常德，亦可自湘阴至岳州”。他与向荣均不能断定太平军的动向。而且杨芳新死，向荣是广西客军，指挥不动湖南诸军。一时间清军群龙无首，太平军得以安然进攻岳州。
由于水营的组建，洪秀全，杨秀清又放弃了从常德下河南的企图，重新“首重长江。”
岳州是两湖重镇，为洞庭湖通向长江的锁钥，系武汉三镇门户。占领岳州，即可直下大江，洪秀全等在全州制定的“首重长江”大计划则可实现。岳州富庶繁荣，商业发达，船只帆概如云，稻米、木材、油盐等物资均由此集散。而且是清军晌道要地，府库充盈，对军资匾乏的太平军具有强烈的吸引力。
10月12日，岳州知府廉昌率大小官员逃出府城。全城内外惊慌混乱，居民纷纷迁避。
10月15日，太平军决定攻城。巴陵知县胡方谷提前逃跑。中午，太平军陆师“由南而至”，分三股攻城。驻守此地的湖北提督博勒恭武，当太平军还在“离城五里之马号地方”，就全军自行溃散，逃往武昌，提督带头开了小差，城守营也随即逃亡。岳州“城门大开，无人把守”，太平军不战克城。
攻克岳州后太平军获得了资江下游、洞庭湖东岸大批船只，约数千艘。大批水手、船民参军，唐正才也在岳州入营，被杨秀清委任典水匠，
唐正才湖南道州人。他在漕运粮船里当水手。当时粮船和盐船的水手们，给押运的官役弁兵重重的压迫克扣，他们冒寒暑，犯风波，沿江沿河纤拉船只，长年劳动，鹑衣枵腹，捱饥受寒，对清廷怀有仇恨。他们每年从南到北，成帮来，成帮去，人众心齐，一呼百应，却成了很好的团结。
正才便是他们的一个帮的首领。他骁勇善大刀，在漕运中学得一手搭浮桥的好技术。
太平军到岳州的时候，正才等成千上万粮船水手正聚集在岳州，平等王杨秀清接见唐正才，嘉奖他们说：「兄弟，你们来得正好，圣兵千万，正要出长江，下江南，你们来立头功！」封为典水匠，辅助罗大纲管理水营。水营也扩编至12000人。
同时，沿途会党、农民纷纷投军，“及至长沙而上，四府土匪附洪者数万人。”巴陵晏仲武起义、浏阳周国愚起义、枚县谢友百起义、郴桂焦洪、许月桂起义，纷纷投奔太平军。太平军现在军兵力当在八万人。陆师除了步兵之外，还有了骑兵。
太平军获得了充裕的军资。除了粮食、油盐、银钱外，新获的大批炮械、火药，足资装备新战士，所获粮物则由船只运载。太平军长期存在的军资困难初步解决。
太平军打开了进人长江、直驱武汉的门户，“千江健将，两岸雄兵。鞭敲金镬响，沿路凯歌声。”太平天国战争史上威武雄壮的大进军即要从岳州开始。
注：这一节的事件发生在左宗棠出吐鲁格尔特山口之前，但为了保持叙事的连贯性，放在后面发。
另注：太平军的军制混乱而复杂，而且太平军并非本文最大重点，因此加以简化，直接以每点检2500来计算。对历史中太平天国军制有兴趣的可以参看附录中的《太平天国军制》
18分权
“发匪留岳州四日。由洞庭湖人江，后队水师，在林子口、土星港各处抢掳船只。已窜过岳州地面，复夺民舟五千余，遂东下。水路沿岸则有陆师相伴进，发匪陆路占领城陵矶，控制入江咽喉。水陆并下，前路并无阻拦，势必径扑武昌、汉阳等处。”10月20日，向荣向徐广缙报告。
杨芳所部溃散后尚未收拢，向荣身为客军，指挥不灵，他遂以所部兵少为由，始终与太平军拉开一两天行程，从岳州至武昌的进军途中，双方没有发生过大的战斗。
秦定三、李瑞、王锦绣、瞿腾龙等5000余名兵勇在临湘与向荣会和，向荣手执徐广缙的回书，压服众人，总算凑齐一万五千余人的大队，迤逦北上，可又苦无船只，只好走陆路，慢慢挪向湖北。
湖北由于长沙会剿的原因，巡抚赵柄言手头不过两千兵勇，提督博勒恭武跑回来之后，又新幕了近千人。这就是武汉三镇防御的全部兵力。
10月23日，太平军“大队自陆路至，踞城东钵孟山、洪山、小龟山、紫荆山，向所筑营垒皆为贼有。复围文昌、望山、保安、中和、宾阳、忠孝、武胜等门”。洪秀全等凭借人数众多的水陆大军，以陆路军驻屯武昌东、南线，“凡东城洪山、南城江岸，遍立栅垒，以阻援师，遂与江上舟船成水陆相辅之势。”
10月24日辰刻，太平军水师“扬帆徐徐顺流东下，须臾尽泊武昌对岸鹦鹉洲”。数千艘兵船出现在武昌江面。武昌城遂被水陆合围。
两岸清军慌忙“开放大炮，并师船开炮迎击”，击沉了太平军二只划船。
面临太平军的浩荡进军声势，未经征战的赵柄言一筹莫展。“堵守城谍尚属不敷”，对江汉阳、汉口，“均无兵勇防守，实属万分危急”。
清军没有船只和水师，太平军则有数千船只，江面的控制权已经在太平军控制之中显而易见。清军虽然筑一浮桥沟通武昌、汉阳江面，但无法守住浮桥。在太平军优势水师与步兵的联手强攻下，清军是很快丢失了这条水上交通线。博勒恭武只能够在力量极端劣势的情况下，集中兵力，利用坚城与火力，防御省城。
太平军见清军聚集武昌，江北汉阳、汉口空虚，遂将舟师驶向汉阳江面。汉阳府城“扼束江表，一大别之山，临高阻深，其势狭而险固。国家划郡，与武昌并峙。方七里。鄂州恃汉阳为蔽，汉阳失而鄂不可保”。
但赵柄言已经没有多余的兵力了，寥寥发动些民夫，还未上城楼，就一哄而散。总制黄玉昆轻取汉阳，升点检。
汉口富商，自太平军出现在武昌江面的时候就“迁徙一空。”该镇是全国名镇之一，“为东南通简”，“百货山积，万商云聚”，但无清军据守。太平军乘势亦在10月24日占领这一著名商业重镇。当天晚上开始，唐正才带领水营连夜构筑浮桥，次日天明竣工，武汉三镇江面交通线迅速沟通，对于围攻武昌具有重要战略价值。
汉阳、汉口的攻克使太平军处于更加有利的军事态势。武昌江面已为太平军控制，可以由水上对省城西线展开攻坚，文昌、平湖、汉阳诸门都受到太平军的严重威胁。由于江面交通线被太平军控制，城内清军的粮株、军资补给中断，十几万居民及兵勇的生活资料供应困难，这成为赵柄言等无力摆脱与解决的沉重负担。
就在这个时候，向荣率军赶到了，而曾国藩，江忠源的湘勇并没有随后跟来。
“湖北为四达之区，自东南而四北，必道湖北，争荆、襄;自西北而东南，必道湖北，据上游，以临赣、皖。”在太平王庭的会议上，杨秀清这样分析，“武昌为天下重镇，如吾等破之。北窥荆州，则蜀、豫震动;顺流东进，则芜、皖、金陵一鼓而下。”武昌战役的成败，关系到未来战局的发展。
于是，杨秀清要求：“以夺取武昌为第一要务。”
“可是，”洪秀全说道，“向荣那妖贼，已到武昌郊外的长虹桥。向荣这厮，狡如狐，滑如鼠，屡战屡败，却溃而不散，从广西一路纠缠到湖北，着实讨厌，我听说他现在只有不到两万人马，不如乘机了结了他。平等王，你看呢。”
“对，乘着向荣势单力孤，就此结果了他吧。”博爱王冯云山也说道，“向荣这厮十分狡猾，还需平等王九千票亲自去对付他。”
“那武昌这边怎么办？林凤翔，李开芳带领九个点检，曾水源带领土营，罗大纲的水营，都已经布好了阵势。”
“武昌不用担心，林天威，李天毅，带领的都是广西老兄弟，一路来打老了仗的。”冯云山慢慢说道。
柳叶飞听到这话，心里一动，抬头看了看洪秀全。大伯礼玺天德面沉似水，看不出在想什么。
太平军自起兵以来，虽说大政方针由康股瑞斯决定，但在军事指挥上，一直有杨秀清，萧朝贵决定，萧朝贵战死以后，则基本由杨秀清在军事上负责，也就是说，所有有指挥权的侯，都在实际上听命于杨秀清。
这时候，就听见冯云山继续说道：“武昌城里才三千清妖，平等王亲自对付，是杀鸡用牛刀了。林凤翔！”冯云山突然一声大喝。
林凤翔身为有投票权的侯，一般不做声，但听到冯云山叫他的名字，便器宇轩昂的站出来：“属下在。”
“林天威，你能在十日之内拿下武昌么？”
“以十打一，这还拿不下，那不如回家抱孩子。”林凤翔大声说。
“林凤翔一个人，这也太轻敌了。”杨秀清说道。
“平等王说的是。李天毅，罗天勇，曾天秀，你们协同林天威，十日之内拿下武昌，敢不敢立军令状？要不，让平等王辛苦一点，先灭了向荣，回头亲自攻打武昌？”
“何饶平等王大驾，我等愿立军令状，十日之内不下武昌，提头来见。”李开芳说道。
“好！”洪秀全赞叹道：“加林凤翔为殿前正丞相，李开芳为殿前副丞相，两人同为先锋，带领所部两万人，会同水营、土营，合攻武昌。”
众人大声应诺，杨秀清正待阻拦，洪秀全说：“投票吧。”
杨秀清看看众人跃跃欲试的样子，笑了起来：“看大家这兴奋劲，不用投票了，就这样吧。”
“请平等王调兵遣将，以歼灭向荣。”
杨秀清咳嗽一声，清了清嗓子：“天昌曾立昌听令，你带左一，左二点检，前往长虹桥炮台，正面据守，天定吉文元……”
19建衙
26月凌晨，大降浓雾，江面城头雾气笼罩，一片黑暗，“咫尺不辨。”清军已经紧张了二昼夜，此时正“倚城而卧”，仅有少数乡勇巡守。太平军袭用永安、长沙经验，“乘雾放毒烟”。攻城突击队，“皆涂面，竖锥羽”，携带云梯潜行，逼近小东门城垣。之后在昏黑浓雾中，迅速“群乘梯上”。
巡守乡勇“见有花面二人登城”，以为天兵杀到，“大呼惊退。”守城清军从梦中惊醒，“急将木石击下，枪炮继发，声震屋瓦。”太平军攻坚受到阻滞，遂实施火力轰击，“火箭、炮矢雨至。”清军急忙“以水龙冲之”，破坏太平军的火力掩护。太平军无法登城，攻坚失利，撤离城垣。在赏银刺激下，兵勇出城掩击”，但遭到太平军狙击，参将罗兆元、绅士夏维祯毙命。日出时战斗结束。赵柄言、博勒恭武惊魄始定，宣布大捷，“赏兵勇各银一两，共赏银三千两。”
在试探性攻击之后，曾水源带领土营将士开始施工，挖掘隧道。东门外长春观一带最先开凿。博勒恭武大为惊恐，下令城军于“九门近门隙地掘坑，深四尺许，上橙巨瓶，使警者更番卧其中。”也是采用地听法，以探测隧道的施工方向。并且，遣练勇缝城袭击长春观外的施工地区，但遭到太平军掩护部队的反击。
随后几日，太平军的进攻一直小打小闹，直到11月2日“夜四鼓金，贼掘文昌门地道，既达城下。墙足有大木桩排立极坚，贼以巨斧伐之，登登有声。”穴地攻城的主要战术准备已完成
11月6日。黎明，洪秀全、杨秀清下令爆破，太平军发动总攻，轰塌文昌门，一举攻克武昌省城。
土营将士点燃导火线，三处隧道同时爆破。城中只听得“大声震动，文昌门城颓二十余丈”。城上“守兵四继逃窜”，太平军攻城突击队“数十人先登，见无御”，担心清军设伏，“不敢骤人。”遂“招贴大呼”。
林凤祥率所部一军“蜂拥而上”。诸军“继之复四围乘梯攻人”，迅速控制文昌、平湖两门城垣。林凤祥在文昌门缺口见清军毫无反击，游移未进。其时，武昌城内天地会信徒闻风前来接应与向导，林凤祥即率部冲人城内，荣立攻克武昌首功。李开芳等相继人城，肃清残敌，胜利已成定局。
而在林凤翔等人攻克武昌的同时，杨秀清带领大部与向荣等在长虹桥，洪山一线展开一场剧战，虽然没有如先前计划的那样聚歼向荣，但也将其重创，击毙总兵王锦绣。
林凤祥等攻取武昌、肃清残敌后，即在城内稍加布置，迎接诸王由汉阳移驻省城。平等王驻藩署，博爱王驻督署，自由王驻臬署，护法王驻学政署。均“以黄纸贴大门首，朱书‘某王府’;大堂书‘某王殿”’。又将抚署改作天王宫殿，“以黄纸贴大门首，朱书‘天朝门’，大堂书‘天朝殿’。11月17日，太平军“令民间扫雪”，迎接天王与诸王由汉阳渡江人武昌城。太平天国正式确立对第一座大城市的统治。
太平王庭康股瑞斯发出安民告示，城市秩序基本安定之后，护法王柳叶飞提请王庭，请男女合营。
根据太平天国既定军事编制，入馆者实施男女分行。女馆专设女官管理，禁卫森严，各街设有巡查，对奸秽者严惩不贷，坚决保护妇女的安全和利益。此外，还有老人馆、能人馆，分别收容年老和残疾的拜上帝居民。入馆后，生活资料由圣库统一支给。人们过着艰苦的军营生活，“每馆日发油一杯，人各发谷三合。”
太平军的女馆、老人馆等，统统交给老营，由老营丞相蒙得恩管理。青壮得以独立出来，卸下负担，专心作战。这在长期行军中是必要和有效的措施。
柳叶飞请求男女合营，就是说现在已经安定了，再分营，阻断夫妻以及其他的家人团聚，有碍人伦，也不利于安定军心民心。
博爱王冯云山不容自己发明的男女分营制度受到挑战，当庭训斥柳叶飞。
柳叶飞是有备而来，他首先分析了长期分营的坏处：
其一，它违背了中国人民社会生活传统。民间很多传统的道德规范都是围绕家庭长期形成的。拆散和废除家庭，无疑严重冲击与破坏了社会的生产、生活，有违民间传统道德。因而，引起群众的惶恐和厌恶，容易失去民心，使农民政权孤立起来。
而且，清廷从中找到厂攻击太平天国、煽动群众不满情绪的有利借口，对未来革命发展十分不利。
其二，从后果上看，太平天国如果在武汉三镇仍旧延续这一政策，把三镇人民强征入伍，而且全家从军，虽然部队人数急剧扩展，但是，这些市民从未经历战阵，不少人带有游民或市井习气，还有一批地主富豪，仇视天国。太平天国不加甄别，一概裹胁，实际降低了农军素质，将会引起大逃亡。
接着，他又提起了另一个话题:“天王，天姊洪宣娇和天忠李秀成的婚事，我已经帮天王问过了秀成，秀成他是愿意的。您看，夺了武昌，建了王府，是不是喜上加喜，就把婚事办了。”
当初洪秀全问起这件事的时候，是在私下里和冯云山，柳叶飞商量的。众人心里都明白，这是天王笼络势力的手段，冯云山觉得至少要等一年服丧，而柳叶飞则表示先问一问李秀成。
“这个，和礼法么？”冯云山问。
“自然是不违反《神经》的。”柳叶飞回答：“天王，这婚事您当初跟我提的时候，我可就帮您留心了，日子我也占卜过了，这三天，都是吉日，如果这几天不办，说实话，这兵荒马乱的，又不知道要拖到什么时候。”
柳叶飞这话很清楚，这婚事是天王你催着我办的，你可不能把话吞回去。
杨秀清道：“我们起事以来，一直都有老兄弟故去，秀成完婚，添添喜气也好，恭喜天王了，秀成，站出来，给天王磕头。”
冯云山面色阴晴不定，按说这是洪秀全的家事，他不能阻拦，但现在办喜事的话，男女分营还怎么执行呢？
“婚事就这么定了，男女合营……，投票吧。”洪秀全说。
众人大喜，太平军初起，还讲究上下一心，同甘共苦，诸侯们也很久没和自己妻儿老小团聚了。投票的结果显而易见。
通过合营的决议之后，冯云山面色不豫，柳叶飞说：“天王，我们已得大城，我请博爱王专管民政，以天豫胡以晃，陈承熔、林绍璋、李春长等为春夏秋冬丞相，辅佐博爱王。请博爱王早日升殿，料理民生。”这算是确认了冯云山料理民政的权力。
“好！”洪秀全很赞叹柳叶飞知机，“有反对的吗？”
当然没有反对的，冯云山谦虚了几句，这事就算定下来了。
“清兵围困甚急，也请平等王升殿，安排大将，部署防务。”
“那是自然。”洪秀全说道，“以秦日纲为天官正丞相，辅佐平等王，总理军务，每日到平等王殿差遣。平等王，抵御清妖，就全仰仗你了。殿前，水、火、土诸丞相，也要到殿。不得懈怠……”