小半个时辰后，鲁钦营中炊烟开始减少，宋万化密切注视着，等到分出去的土兵接近后才下令攻击。水东军潮水一般向近卫军阵地冲去，而快接近阵地时，意料中的近卫军慌乱奔逃的情形并没有出现，迎接他们的是整齐的枪声和炮声。
水东军满怀信心，想一举歼灭这支小而耐战的部队，所以出动了大量的精锐部队，遇到反击以后，前面的土兵想退也退不了，因为后面还有源源不断的土兵冲上来，所以只能咬着牙向前冲，而鲁钦带的近卫军刚才本来就休息了一个多时辰，而近卫军自己带着干粮和水壶，这干粮是朱由校依照后世的炒米面做的，里面加了牛油，晒干后切碎的青菜和盐，专门在紧急的时候用。炊烟只是用来欺骗引诱水东军来攻击的手段，其实士兵们已经吃饱喝足，休息好了，专门等着水东军来上钩。
宋万化知道上当，但箭在弦上，已经没有办法，于是亲自督阵，命令强攻。鲁钦的军队数量终究太少，而现在敌人是一团团地三面围上，很快就出现了士兵来不及上药敌人已经扑到面前的情况。
鲁钦及时下令：前两排用刺刀对敌，不要装药，后面的继续自由射击，炮兵自由射击。这样暂时挡住了水东军的攻击，但伤亡在逐渐增加。现在两方都退无可退，就看谁先崩溃了。
一个时辰后，部分水东军面对伤亡，已经萌生退意，但宋万化却是信心满满，近卫军人数有限，只要不断地填人进去，胜利最后一定是自己的，至于自己的人伤亡多少，那又有什么关系的，水东多的是人，拉一群人来补上就行了。他命令督战队守在阵后，只要进攻不力的就是一刀，水东军不敢再退，只好继续向前冲杀。
宋万化大声鼓励道：“还有半个时辰就可以将他们杀光，他们的武器盔甲都是你们的了，勇敢的就得的多，后退的杀光你全家。”
鲁钦暗暗后悔，水东军包围时他在望远镜中看得清清楚楚，但他以为水东军在近卫军的铅弹会很快崩溃，所以还乐见其成，不料这次水东军竟然死战不退，看来今天老子要折在这里了。
绝境反而激发了他的凶性，他命令护卫全部参战，自己也拿起他的镔铁大刀，哪时人多就扑向哪里。大刀翻飞，可真的是碰着就死，擦着就亡，口里大叫：“今日老子多拉几个垫背的，阴曹地府里再杀你们一遍。”士兵们也跟着一起叫着拉垫背的，倒把前面的水东军击得连连后退。
但这只能将敌人击退少许，很快敌人又扑了上来，双方都打起了火气，鲁钦很快就受了伤，他也不管腿伤，依旧冲在前面，想着算了算了，还是大意了，那今日就用这条命来报答皇上的厚恩吧。
这时东面的水东军阵中响起了一阵整齐的枪声，鲁钦精神一振，大叫道：“援军来了，儿郎们杀他娘的。”近卫军士气大涨，而水东军则开始彷徨张望，很快，周遇吉带着骑兵营冲了过来，周遇吉手中的大刀舞得只看得到一团白光，骑兵们都背着火铳，拿着马刀收割着水东军的生命，终于，又累又饿的水东军再也坚持不住，再也顾不得后面的督战队了，一起向后逃去。
宋万化见大势已去，长叹一声：“再给我半个时辰，不，两刻钟，就可以收拾他们了，天要亡我呀。”也不管逃散的军队，带着心腹转身拍马而去。
对付溃散的军队，骑兵比步兵要强得多。周遇吉带着骑兵开始追亡逐北，边跑边叫：“招降免死！”很快大量的土兵抛下兵器，跪在地上一动不动，骑兵也不理他们，直接从他们身旁掠过，向前追去。
近卫军骑兵势如破竹，很快就扫清了水东的残军，宋万化死于乱军之中，他的几个儿子有的被杀，有的投降，手下的土司们大多都投降，少数顽抗的被周遇吉下令直接杀死。
至此，水西水东的大的战斗就全部结束了，山中残存的少股反贼已经成不了气候，而且秦良玉的白杆兵正在不停地清剿他们。
近卫军则开始休整，不久朝廷下旨，撤掉贵州宣慰司（水西）和水东司，设立水西县和水东县，划归贵阳府直管。所有没有参与叛乱的土司都维持原状，不准改土归流。
近卫军和白杆兵的战绩震慑住了土司们，永宁的改土归流则使他们惶恐不安，而朝廷的谕旨及时地将他们安抚住了，西南最大的家族安家在这一战中被一扫而空，也使得西南发生反叛的可能性大大地降低了。
历史上的奢安之乱，历时十七年，波及黔、川全省。两地巡抚均死于战祸，省府贵阳、成都都曾长期被困，牵制了明政府西南五省的兵力。更重要的是，十多年战事，庞大的军费开支对于已疲于应付北方战事及各地农民起义的明帝国来说，无疑是雪上加霜。所以后世有人认为，奢安之乱是导致明朝灭亡的最后一块落井石。而现在这块石头在不到一年的时间里就被朱由校粉碎掉了，使得大量想与奢安勾结的土司们来不及表现就熄灭了心中的蠢动，安安静静地当着他们的土皇帝，等待皇帝的下一次清洗。
皇帝圣旨也提到了封赏，秦良玉升为左都督，一品夫人，其子马祥麟袭石砫宣慰使。秦民屏升为总兵，秦翼明升为副将，张令，秦拱明均升为参将。近卫军全员回京师，并命马祥麟带领四千白杆兵前往京师轮值。
对秦良玉的任命引起了朝中大臣的强烈反对，但朱由校则认为西南需要稳定，秦良玉忠心不二，且精通兵事，可成为西南的定海神针。而且五军都督府只有统兵权，却没有调兵权，并不会使秦良玉权势太大难制，群臣这才勉强答应，当然，最让大臣们放心的是调马祥麟入京。
而之所以朱由校要马祥麟带白杆兵前往京师，并不是送人质的原因，而是因为鲁钦和周遇吉都认为白杆兵很适合特殊地形的作战，他们写信告诉卢象升后，卢象升觉得可以用来训练奇兵，所以就让他们作为班军来驻京师一年。