关于熊廷弼和王化贞的处理问题，三法司会审后，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上的结论是二人皆斩。原来的历史上熊廷弼斩于天启五年，王化贞死于崇祯五年。
当然，这结论只是初步地认为二人失地该杀，并不是要斩立决，而是要看皇帝想什么时候杀他们俩人，这就让各位大臣有了操作的空间。
朝中大臣开始了分党派地营救活动。东林党人多势众，从内阁次辅叶向高，阁员韩爌，孙承宗开始，到下面的刑部尚书王纪，礼部尚书孙慎行等等，再到御史邹元标，左光斗等等，大家一起认为王化贞不该死，熊廷弼才该死。
他们的理由是，王化贞失广宁，是因为王化贞不知兵，能力不足，所以失败。却没有提到能力不足的王化贞是如何被他们推上巡抚之位的。
而熊廷弼是有能力但却不去救广宁，所以这不是能力问题了，是态度问题，所以应该要斩。
而以方从哲为首的浙楚齐三党中人则以为，熊廷弼虽名为经略，但手中仅能指挥五千兵士，十多万兵都由王化贞这个巡抚掌握，你让熊廷弼如何敢用五千兵去干王化贞十几万人都完不成的任务？同时他们还把本兵张鹤鸣也牵扯了进来，认为正是因为本兵偏袒王化贞，才会造成经抚不和，最后失去广宁的。
这时三党的大佬都还在朝中，大家斗志昂扬，比起原本的历史完全不同，所以两方倒是斗得个旗鼓相当。
朱由校把三法司的判决发给大臣们讨论后，朝堂上每天都是你方唱罢我登场，你摆你的理，我划我的道，吵得不可开交，把个皇帝是看得喜笑颜开。朱由校觉得这才象个朝堂的样子，两方势力均等才好，一方占了绝对的优势，那个自己这个皇帝也会被群臣无视了。而现在这样，最后说话算数的就只能是自己了。
就这样吵了两天以后，到了大朝会的时间。这天早上，朱由校等群臣参拜以后说道：“朕这几天在想一个问题，朝中有诸多大臣，年龄较大，朕想年龄较大的可否不用大礼参拜呢？”
群臣都懵了，今天不是要讨论熊王的事吗，你特么的把这事扯出来是几个意思？不过懵只是一会儿的事，然后就是群起而反对，特别是几个年龄大的，官职高的象方从哲，叶向高等人，反对的尤其厉害。
方从哲先上前道：“陛下，礼不可废，左传有云，中国有礼仪之大谓之夏，我华夏不是夷犾，请陛下再勿出此言。”众人皆同声附和。
朱由校不由腹诽，孔颖达还不是圣人呢，他的话你们就这么听呀，好心让你们不跪拜，你们不干，那我也没办法，这个还是慢慢来吧。
于是笑道：“朕只是怜惜诸位老臣，既然大家都反对，那就作罢。只是朕想，如果在朝中设立座位，那大家不用站着，会不会好一些呢？”
叶向高上前道：“老臣代诸位同僚谢过陛下隆恩，只是在殿中设立座位，则会使得占地较大，远处同僚不能聆听陛下教诲，似乎有失朝堂议政愿意了，请陛下圣裁。”
叶向高平时在党争方面不象刘一燝他们那样咄咄逼人，所以朱由校对他还是有些好感的。于是他温言道：“叶公顾虑当然是有道理的，朕是这样想的，于殿中设立十个座位，然后皆以蒲团放于殿中，那不就解决了叶公的担忧了吗？”
韩爌一听到十个座位，立即就上了心，十个的意思，显然是阁臣四人加上尚书六人，这样阁臣就等于是和尚书平起平坐了，这怎么行呢？
所以皇帝刚一说完，他立即上前道：“陛下，臣以为，如有十个座位，然后再加上蒲团，则会使群臣割裂，使人心不平，五日方才一次大朝会，不如都用蒲团，这样庶无差异，陛下觉得如何？”
朱由校带有深意地看了他一眼说道：“韩学士的想法是有道理的，但是朕觉得象首辅方公，次辅叶公等人年龄较大，用蒲团不是很舒服，所以才有此议。来人啦，将椅子和蒲团搬了上来。”
立时有太监将十把带太师椅拿进殿来，在靠近皇帝的御座前摆成相对的两排，朱由校道：“请阁臣和尚书坐于椅中，其他大臣暂时向旁边让一让，好让他们把蒲团摆好。”
点到的人向前行至椅前，关于谁坐哪个椅子的问题大家又是一番推让。朱由校不耐烦地叫道：“朕左手第一个方首辅，右边第一个叶次辅，然后按韩学士，孙学士的位子先空着，吏户礼兵刑工六部按座次坐好就行了，不要按你们中进士的年限名次了，那个算得太麻烦。”
这样八人才停止了假模假式的推让，按顺序坐好（孙承宗不在，兵部现在没尚书）。太监们在他们的下首摆了六排蒲团，然后一番嘈杂之后，各官员总算按六部顺序及在部中的职司坐好了。
众人心中暗惊，皇帝心中其实早有成算，椅子和蒲团都准备好了就是证明，却还要先提出不用跪拜的事，接着又提出全部用椅子的事，原来这些都只是些烟雾，以掩盖他最后的目的，这份心机，可不象是个少年能有的。
朱由校看着坐好的众臣道：“大朝会时间有时会很长，这样大家都坐着，可不就能更专心地讨论朝政了吗？至于有些人会觉得这样显得不够尊敬，其实朕倒是觉得，这个和论孝是一样的，论心不论迹，方首辅，你觉得朕说得有道理吗？”
他记得有这样一句话：百行孝为先，论心不论迹，论迹寒门无孝子；万恶淫为首，论迹不论心，论心世上无完人。这话本是清人所说，所以方从哲听到朱由校的问题后，想了一会才答到：“陛下圣明，百善孝为先，论孝只能讲孝心，如果要讲孝行的话，有些人根本没有条件去奉养好父母，但不能说他是不孝，陛下此语，使老臣醍醐贯顶，陛下之智，老臣拜服。”
朱由校莫名其妙，难道这句话这时候还没有出现吗？那我岂不是又靠穿越者的福利刷了一大波存在感？正好可以用来反驳东林人的观点。
于是他笑了笑道：“朕常常思量，百行孝为先，论心不论行，论迹行门无孝子；万恶淫为首，论行不论心，论心世上无完人。所以朕想，说一个人的错处，只能论行，不可论心。”