东江已经基本搞定，而辽民进入近卫军后，近卫军人数大涨，卢象升看过辽兵们的训练后，觉得如果辽兵再训练两三个月，就可以和老兵们一起前往辽南了。因为基本的训练已经完成，而辽兵的素质很好，两个月里，所有的人都拿到了一级刺杀勋章，有半成的辽兵已经拿到了二级刺杀勋章。这比京营原来的士兵成绩好多了。
朱由校准备等西南近卫军回京后，将近卫军重新组编，然后就派遣近卫军前往辽南，与辽西和东江配合，先收复金复盖海四州，在辽东钉下一枚硬钉子。
一方面可以接应南逃的辽民，另一方面以辽南为战场，进行练兵，他还有很多事要做，但之前先要打造出一支百战强军来才行。
这时候毕自严来报，今年的商业税收缴情况不容乐观。从天启元年十月开始收商业税，到二年六月，八个月里收税总额是二百二十万块钱，合一百一十万两银。这个情况看起来已经算是很不错了，因为就算是收税最多的万历三十一年，解入京师的矿监和税监总收也不过是一百零九万两白银。
但是账不是这样算的，万历时确实只有那么多银两入库，但太监们绝对不可能只收到这么银两呀，按毕自严和徐光启的估计，太监们最多只会上缴一到两成，所以现在收的商税数目是远远不够的。而据毕自严所说，最主要的问题是两个方面，一个是矿业税的问题，一个是高官显贵们的免税和逃税问题。
矿税是万历年间最被人诟病的政策，光宗登基时就已经废除了，所以现在没有专门的矿税，是按照行商的规则来收的，但是矿主采矿以后，一般都不运往其它地方，而是就地炼化，然后再将炼化后的产品运往他处，这样其实只收到行商税，矿业税根本就是没有收。
而明朝高官显贵们坐着车船过钞关时是不收税的，后来发展到只要是有他们的旗子挂着的车船，也不能收税，这样大量的商家就把自己的车船挂靠在他们名下，交一些钱换来一面旗子，这样就可以免税了。
其实上次魏忠贤去调查李三才的财富来源时，就已经向朱由校做了汇报，李三才敛财的途径之一就是别的商家的挂靠。他任河运总督时，大量收拢商家，他的船走在前面，商家的船走在后面，都说是李家的船，这样大量的税额就这样流失掉了，而李三才则按钞关应交税额的四成到五成收取保护费，所以才能赚得盆满钵满，积下偌大的财富。
朱由校查抄晋商赚了一大笔，而卖镜子赚了一小笔，虽然大学城的建造花了一些钱，但很快就可以通过卖房子赚回来，所以内帑还是很充足的。而户部八个月可以收二百多万块钱，一年就是三百多万块，这与原来相比已经是大大增加，如果这两个问题解决的话，那商业税应该会大幅增长，那朱由校减少农业税，从根本上解决农民起义问题的设想就能实现了。
所以第二天的小朝会上，朱由校决定把户部收商业税遇到的问题摆在各位大臣的面前，让大家讨论应该如何解决。
然而朝会开始大家见礼以后，朱由校还没让毕自严出列，孙慎行却先出列上书要求严惩“红丸案“首恶李可灼、方从哲罪，认为李可灼当斩，方从哲应该革职，而刑部尚书王纪与侍郎杨东明也建议逮捕李可灼、崔文升，并削方从哲官，令其还家。
朱由校大怒，上次要办学校的事孙慎行就百般阻挠，而审问熊廷弼时王纪明显偏袒的行为也让他很不高兴，而且自己早就说过前面各案不用再提，这几个人偏偏要触霉头，于是怒道：“红丸案早有定论，李可灼和崔文升早已惩罚，为何诸卿总是要计较于这些呢？”
孙慎行却是不惧：“陛下，李崔二人确实已被惩处，但太过宽容。而方从哲则是罪魁祸首，却一直立于朝堂，且继续为首辅，这事天下人不服。”
朱由校气极反笑：“你就是天下人吗？你说天下人不服，那朕倒要看看，有哪些人不服。诸位臣工，可还有觉得方从哲应该罢官的？”
韩爌，左光斗，赵南星，魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章都站了出来，同声道：“臣以为方从哲应该罢官。”站出来的都是东林党人，不过奇怪的是，做为次辅的中叶向高和一直为东林急先锋的杨涟倒是没有出声。
这就尴尬了，内阁阁员，吏部尚书，左都御史，礼科都给事中都站出来认为方从哲应该辞职，朱由校倒一时慌了手脚，愣着说不出话来。
徐光启站起来说道：“陛下，臣认为方首辅在红丸案中无有罪错，不应该罢官。”
朱由校这才反应过来，说道：“既然对此事诸位臣工有不同看法，那不如明日大朝会大家一起来讨论一下此事。”
于是此事暂时不再议，朱由校也没了兴致，草草结束了朝会。他心情很不爽，于是将阁臣及尚书们一起叫到云台问话。
他先开口道：“上次朕就说过，方首辅深体朕心，为朕肱股，不知今日为何又要驱首辅？”
攻击方从哲认为应该罢其官的这时在云台的就有四位：阁臣韩爌，吏部尚书赵南星，刑部尚书王纪，礼部尚书孙慎行，而剩下的叶向高，孙承宗都是东林党人，工部尚书姚思仁偏向东林党，除了方从哲本人，只剩下兵部尚书黄克缵，户部尚书徐光启两人与东林党无关。
皇帝问话出口后，方、徐、黄三人自然不会出声，而叶向高则开口道：“陛下，臣不敢言驱首辅，臣以为首辅在红丸案中处置得当，只是李崔二人确实处罚过轻，请陛下圣裁。”
从这话可以看出，叶向高其实是不同意王纪孙慎行他们的意见的。孙承宗也表示出相同的意思，这让王纪等人怒火中烧，眼睛瞪着孙承宗等人，象是要喷出火来。而徐光启和黄克缵也都赞同叶向高的话。