朱由校说道：“近卫军是朕的亲军，也是我华夏的护卫者，朕命令：在近卫军中实施军衔制，实施新的军制，改制完毕后，发兵辽东，擒来奴酋。”
众将士又一起大叫：“发兵辽东，擒来奴酋。吾皇万岁万岁万万岁。”
这时新任兵部尚书黄克缵上台来宣读圣旨：“皇帝诏曰，西南近卫军死于国事者，每人抚恤金一千块，家中给地五十亩，二十年不收赋税。各立功者按照所立功劳大小，分别给予最多五百块不等的奖励，并作为晋升军衔依据。日后国战均照此办理，钦此！”如此高的抚恤金，可以说历史上从来没有过，这从根本上解决了将士们的后顾之忧，让军心士气都有极大的提高。
众将士山呼万岁后，由杨光夔代为接了圣旨，然后大家就簇拥着朱由校来到节堂，商量改军制和实施军衔的具体事宜，其实朱由校早就已经定好了，只是宣布而已。
近卫军军制改变在营以下并不多，还是以司为基本战斗单位，只是在每个步兵和骑兵营中加了一些直属的部队：特务队，传令兵队，医官队，小型炮兵队。炮兵营的武器有了大幅的改动，兵器局对火炮进行了分类，根据炮口大小和炮弹的重量分为三斤炮到十五斤炮不等。小的三斤炮不过八十多斤，而十五斤炮则达到八百多斤，这还是用钢铁代替了铜来铸炮体，不然会更重。
但是在营以上变化就大了，营上面加了一个新单位：旅，三个战兵营和一个辎重营为一旅，每个旅设有两名军需官，一名负责粮草供应，一名负责武器供应与维修。每名军需官下面设有三名副军需，负责到每个营。每个旅都自行负责粮草军备事宜。
旅上面再设一个新单位：师。师所辖旅数量不等，现暂设三个师。第一师师长卢象升，副师长曹文诏，第二师师长杨光皋，副师长赵率教，第三师师长鲁钦，副师长周遇吉。并设立一个独立旅，旅长满桂。
更重要的是设立了一个总参谋部，抽调参与过战斗的读过兵书的近卫军军官，任命为参谋，并任命杨光夔为总参谋长，每次战斗前都由参谋部制定作战计划，战后根据计划完成度来给近卫军计算功劳。
杨光夔有些为难，觉得总参谋长这个职位只怕自己不能胜任，朱由校笑道：“不要急，很快就会给你配一个副参谋长的，到时你就好好跟着他学吧。”
杨光夔好奇地道：“是谁？”
朱由校神秘地一笑道：“现在不告诉你。”把个杨光夔急得抓耳挠腮，却又不敢再问。
后勤部也同时成立了，明军行军时粮草都是由地方供应的，而鲁钦他们去西南时试行了打白条的征粮方式，结果很不错，朱由校想在这个基础上更进一步，直接由后勤部负责军队的粮草武器的提供，不打白条了，直接用钱买，反正现在他钱多，任命南京户部新饷司郎中杨嗣昌为近卫军后勤部长，刘伯泽为副部长，专门负责管理近卫军粮饷军器事宜，军需官由后勤部直接管理。所有后勤账目都应该额外复制三份，一份交与银行，一份交于户部，一份交于兵器局。
接下来就是军衔的事了，近卫军军衔制分为六等，分别为帅，将，校，尉，士，兵，帅就是一级，将，校尉，士，兵都分为三级，上，中，少。士的少士改为下士，兵的名称则不同，分别是上等兵，列兵，新兵。
每个将士都会按照军衔发给一枚肩章，兵是一到三条直杠，士加一颗星，尉两颗星，校三颗星，将则没有直杠，只有一到三颗星加上一条龙，帅则是一条龙加四颗星。
近卫军众将听朱由校讲了军衔制的基本情况后，互相交换了一下眼色。杨光夔示意鲁钦，鲁钦举起手来，朱由校道：“鲁副将你说。”
鲁钦站起来敬了一个军礼道：“臣请求在军衔制中再多加一级。”
朱由校本来是按后世美国和中国的军衔制度来制定大明的军衔制的，自己觉得已经很不错了，鲁钦这个神经粗大的家伙竟然还觉得有补充的地方？于是笑道：“如何加？”
鲁钦道：“请在帅上面再加一级大元帅。”
朱由校笑了：“现在你们最高的都只能到中将，上将和帅都暂时没有，还设大元帅干嘛。”
杨光皋站起来敬了军礼说道：“臣以为皇上也应该加入军制，臣等请皇上任大元帅一职。”
众将一起站起来道：“臣等请皇上任大元帅一职，统领臣等扬我国威。”
朱由校见他们如此整齐，明白应该是早就已经商量好了的，他倒是没有想到这一点，现在听他们一说，是呀，自己也是军队最高指挥官呀，加个大元帅衔头是好事呀，于是笑道：“也好，那就加一级大元帅吧，五星一龙。”
众将大喜，身为武将，最怕两件事，一是功高震主，一是文官不把武将当人。他们商量过，最好的方法就是让皇帝也任军职，这样两件事就都可以轻易解决了。现在皇帝答应自己加军衔，以后军人的日子可就要好过多了。
既然有了军衔制，那以前的一级二级刺杀勋章不再保留，所有只有一级刺杀勋章的士兵直接就是列兵，有二级刺杀勋章的就是上等兵。根据功劳不同，队长为下士或中士或上士，旗长和副旗长为上士或中士或少尉，司长和副司长为少尉或中尉或上尉，局长和副局长为中尉或上尉或少校，营长和副营长为上尉或少校或中校，旅长和副旅长为中校或上校或少将，师长为中将，副师长为少将。
至于勋章制度，朱由校也没有准备废除掉，军队中的勋章分三级，铜星，银星，金星，共有三类：勇气勋章，智慧勋章，义气勋章，分别对应作战勇敢，指挥得当，救助同胞三个方面。这些勋章以下有一种荣誉勋章，授予对外战争中有斩获的士兵。所有勋章都只能由皇帝授予。