孙承宗正色道：“按我们签订的协议，我们没有禁止你们的战船出现在澎湖海域，但我们也可以击沉你们的战船，这都不违反协议，所以现在我们抓住了你们的人，那就要按我们的规矩处理。我们将让他们去修筑城堡开垦荒地来赎罪，两年吧，两年后放他们回去。”
纳茨知道这个时候没什么好办法，只能寄希望于总督了，于是告辞后回去整顿商船，准备驶往巴达维亚去求助于总督。
投降及从海中捞起来的荷兰人一共有九百多人，郑咤将他们带到厦门休整了三天。而这时从福建沿海各地召集来的民壮共六千多人也集中到了厦门。
孙承守对郑咤说道：“本钦差已经得到皇上允许，可以将你们留在福建一年，明天你带四千民壮前往小琉球，分两地于淡水和鸡笼筑城。”
然后对陈士瑛道：“陈千户可于小琉球南部大员地方登陆，在此地建起一座城堡，你把荷兰人也带去，让他们去做苦工，你们一共大约三千人，只筑一座城，应该还会快些。”
又叫过王梦熊道：“你们去接收荷兰人占领过的马公湾，将那里的城堡修缮好，再在凤柜尾、金**、莳里、白沙、八罩等小岛上都筑好城堡，各堡派人守卫，不要再出现别人长驱直入而我们毫无所觉这种情况了。”
众人皆听命而行，孙承宗则和南居益商量，于福建各地招收无地农民。这事当然不可能由巡抚去干，所以孙承宗以钦差名义将福建县令及以上官员齐集福州，准备召开皇帝所说的大移民的动员大会。
五天后，钦差来到福州，在巡抚衙门里，已经坐满了各地的官员。见到孙承宗进来，立时跪了一地，孙承宗报过圣安后大家再途过礼，一起落座。
孙承宗开口道：“本钦差今日前来，是奉皇命督查各地赋税收缴情况，福建去年赋税还欠三成，有的县竟然只收到三成，皇上命我来查问，到底是何原因。”
众官皆悚然不敢开口，特别是欠农税较多的县令，脸色涨红，心中忐忑不安。
孙承宗目光扫过众人，然后不紧不慢地说道：“惠安的县令，你来说说你们县为什么只能交三成税呀？”
一个四十来岁微胖的官员立即从座位上跳下来，跪在孙承宗面前道：“阁老，本县山多田少，人口又多，去年年成不好，下民连饱腹都难。卑职不敢强收，恐生不忍言之事，请阁老责罚。”
孙承宗肃脸问道：“李县令，你们县不仅是去年欠税，我昨天查了一下，你们每年都欠税呀，只是去年多一些而已。”
李县令回道：“本县人多田少，能够养活本县人口就已经很难，所以赋税常常收不上来，是本官失职了。”
孙承宗点了点头，却不再理他，任他跪在地上，又叫了福清，甫田几个欠税较多的县，结果回答都差不多，人多地少，除非跑海，不然所得极少，只能勉强养活自己而已。
孙承宗看着跪在前面的一群县令，叹了口气道：“起来吧。”
待众人告罪起身归座后，孙承宗道：“皇上也知道福建多山少田，人口又多，所以他想了一个办法，如果哪个府县因为人口太多而导致生民困苦，那就给这些人找一个新的生活之地。”
“皇上派人查探了小琉球的情况，发现那里水美田肥，有大片荒野未辟，所以现在已经派人在上面修筑了城寨，可以大量接收福建的无地农民。”
“每户到了小琉球，一丁可分得一百亩地，且免五年赋税。且由朝廷发放耕牛种子农具，这个在两年后分步偿还。且你县有多少户去小琉球开荒，那就减少你一倍半相应的欠税数目，听明白了吗？”
众官员听了心中大喜，这样的好事可不是容易遇到的，有些心狠些的想，只要把自己治下的民众送走三成多，那自己的五成欠税可就平了。
孙承宗似乎看穿了他们的心事：“但是有一点记住，不管你们用什么方法，但绝对不可以强迫，也不可以哄骗他们。这事没有任何人情可讲，锦衣卫会专门查探移民之事，大家可不要落在他们手里了才好。”
众官刚才兴起的些许邪心立刻收敛起来，还是别进诏狱的好。自己治下民众确实穷困，有些甚至到了贫无立锥之地的地步，现在有这样的好事应该会有人愿意去的。
不提各地官员去收拢移民，郑咤带着四百水军和俞总兵派给他的一千福建兵来到了淡水。
淡水是淡水河的入海口，郑咤分了一半的部队给福建兵的统领陈厚甫：“厚甫，你就在这里筑城，我带人去鸡笼，两地离得不远，有事你就派人去联系我。”
陈厚甫点头称是，郑咤往鸡笼而去，而陈厚甫则让搬下工具，开始在河口附近扎下营寨。
两百水兵住在船上，五百福建兵和两千民壮住在营寨中，一直忙到晚上，才将营寨勉强建成一个雏形。他设置好的岗哨，才让大家休息。
睡到半夜，外面突然传来喧哗声，他立刻爬了起来，这时一个卫兵跑了进来：“将军，敌袭。”
他急忙穿好衣服，拿着武器就跑了出去，草草制成的营寨门口倒着两个哨兵，陈厚甫上前仔细看了一下，说道：“是吹箭，医官呢？”
这支队伍中仅有的一个医官这时才被士兵架了过来，衣服都没有穿好。他检查了一下确认哨兵是被吹箭所伤，但是他没有相应的药物，不能解除士兵的昏迷状态。
陈厚甫说道：“先让他们躺着吧，等天亮了我再去和土人打交道。”
第二天早上，陈厚甫带着医官和两个卫兵来到了附近的山旁。四人都没有带武器，进山以后慢慢地走着，突然前面一声竹哨响起，四周突然钻出几十个大汉，拿着弓箭刀枪，对着他们。
陈厚甫早就吩咐过随来的人，大家慢慢地将手举过头顶，陈厚甫说道：“有话好好说，不要冲动。”