天启四年正月，杭州有诸生家张灯，不慎火起，延烧房屋，九营兵卒乘乱而起，据钱塘门外更楼十座。当时有杨把总，约束营兵勿予乱，被各兵捆绑还营，悬之高竿，欲以弓箭射之，两游击好言抚慰乃定。
朱由校接到消息后，心里气得要死，这样的军队，有不如无。看来用近卫军来代替卫所兵的事要加紧进行了。
而上次近卫军新招收的士兵，在拱极城训练了这么长的时间，鹿善继和孙祖寿都认为，他们已经具有了一定的战斗能力，欠缺的只是战场的锻炼了。
朱由校命令这三万多人全部组成步兵营，一共组成了三十个步兵营。抽调了九个步兵营前往第一师，与第一师的步兵旅的九个步兵营进行混编，组成了六个步兵旅。
再从六个步兵旅中抽调三个步兵旅，组成第四师，由曹文诏任师长，调到日本及济州府。在日本守卫的满桂独立旅则回到国内。
独立旅回国后，从新兵营中抽调了六个步兵营加入独立旅，改组成第五师，由满桂任师长，调往辽东接替第三师鲁钦的部队。
第三师回到国内后，加入了九个新兵营混编，新建了第六师，由周遇吉任师长，调往觉华岛接替第二师的防区。
第二师回国后，剩下的六个营加入到里面，混编之后，组建了新的独立旅，共有六个步兵营，一个骑兵营，由杨光皋任独立旅旅长，专门负责拱卫京师。而第二师师长由赵率教接任。
混编后的第二师赵率教部和第三师鲁钦部，前住山海关，接下了山海关的驻防。而山海关原来的部队，则由王在晋在鹿善继和孙祖寿的帮助下进行初步的整编，然后由鹿善继和孙祖寿带回拱极城进行训练。
山海关的明军部队极其复杂，有从甘肃，宁夏，四川各地来的客军，也有原来辽东的卫所兵。按照朱由校的意思，客军都应该回到原籍，以后不再有客军这种情况。但这一想法被徐光启等人打消了。
徐光启和黄克缵都认为，按籍贯而成军有大弊端，如今近卫军六师大多是辽东人，如果加进一些其它地方的官兵，这样就可以保证士兵有不同的籍贯，成为大明的近卫军而不是辽东或者某地的近卫军。
朱由校自然同意了这样一个对军队的长期建设有利的建议。于是山海关原有的近八万士兵经过初步的挑选整编，部分年老体弱者发放军费送回原籍以外，余下的七万士兵全部进入京师进行训练。
皇太极被送到京师时，正是朱由校抽调新兵，全国换防的时候，所以一直到两个月后，朱由校才想起这回事，亲自接见了皇太极。
这种接见显然不可能在大朝会上进行，所以参与接见的人只有内阁和六部尚书，地点就设在云台。
皇太极见到皇帝后，立即跪倒在地，口称罪臣：“陛下，罪臣努尔哈赤之子皇太极见过吾皇，愿吾皇万岁万岁万万岁。”
这就让朱由校有些看不懂了。皇太极不是大清开国皇帝吗？史书上说的雄才伟略可能有些水分，但他接任为汗后，确实在对明的战争中占据极大优势，收服蒙古和朝鲜，这样的人竟然直接就跪倒叩头了？
他沉吟一下道：“尔父自立为汗，又岂是一句罪臣就可以掩盖他的恶行的。”
皇太极立即道：“陛下，臣父一直为大明藩属，为大明守边。然辽东之明军将领，处事不公，多处为难臣父，臣父欲白于皇上却不可得，为保首领，不得不奋起反击。只愿征讨大明之贪官，却绝无反对陛下之意。陛下天纵聪明，当不问可知。”
朱由校笑道：“广宁与建州远隔，为何也遭到尔父子攻击？”
皇太极回道：“广宁明军，不满臣父日久，多次启衅，杀我边民，故臣父不得不还击。”
朱由校拍掌微笑道：“果然一张好嘴，颠倒黑白，混淆是非，端得是厉害。”
方从哲道：“是呀，四贝勒这口才如果去说书，那绝对是能够赚很多钱的，只是要担心被书中人物的后代打死。”
叶向高也说道：“蛮夷无理，不值一笑。”
徐光启笑道：“四贝勒，你们打赢了萨尔浒，打赢了辽阳，沈阳，萨尔浒不说，辽沈乃到广宁，哪一个不是远离你建州。你如此说，不过就是打赢了就觉得有理而已。”
皇太极也笑道：“难道不是这样吗？打赢了说明是民心所向，我军进沈阳时，汉民张灯结彩欢迎我父汗，不知徐阁老如何看此事呢？”
徐光启说道：“不知在海州，在新安堡，在云阳堡是谁赢了。”
皇太极笑道：“我早就说过，我父之所以起兵，是因为有奸臣对建州不公，今日圣天子在位，能还我建州公道，赢或者输，有什么关系呢？”
朱由校不由得大为叹服，皇太极之所以能成一代枭雄，果然是有过人之处的。前面已经见识了他颠倒黑白的功夫，现在看来，脸皮之厚也真是罕见呀。
他笑笑道：“不知四贝勒对现在的形势有什么看法呀？”
皇太极叩头道：“罪臣不敢当陛下如此称呼。臣父起兵乃迫不得已，罪臣愿劝我父亲，永为大明藩属，为大明镇守建州等地。”
朱由校说道：“你说得轻巧，圣人有言，以德报德，以直报怨。鲜血只能用鲜血才能洗净，女真之族必灭也。”
皇太极大惊道：“陛下，臣等为蛮夷，不识华夏礼数，故有辽东之变。然臣父只为被逼无奈，方才起兵。圣人有言，惟兵不祥，请陛下深思。”
朱由校笑道：“那你现在修书一封，命尔父自缚而来，女真归还辽东之地，并退回建州，如此可好？”
皇太极道：“陛下，臣之修书并无作用，可否让臣前去辽东，劝谕臣父，退出辽东原属大明之地，然后臣再代父自缚御前请罪，请陛下恩准。”