等朱由校来到别墅时，徐光启，叶向高，孙传庭竟然都在。朱由校奇道：“孙卿竟然有时间来京师大学堂？”
孙传庭笑道：“正好今天公事处理得差不多了，听说研究院有些课很有意思，想来听听学点东西。”
朱由校点点头道：“确实，多学点东西总是好的。今天朕想到了一个问题，有很多困惑，想要来请教叶师和先生，你也听听，看有没有什么好的办法。”
孙传庭道：“跟着陛下，臣能学到更多东西。”
朱由校没有理这个生硬的马屁，说道：“朕觉得我们的朝廷结构有些不大合理，想要专门让一个部门负责审案子，可是一时又找不到那么多会审案的人，众卿可有教我？”
叶向高问道：“陛下，如今审案有三法司，可以互相监督，这不是比一个部门审案子更好吗？”徐光启和孙传庭也觉得是这样，不明白皇帝为什么想要一个专门的部门审案。
朱由校道：“三法司审案，只是在京城里才会有。三堂会审，确实可以互相监督，但也会出现一些情况，比如大家都不想担责任，或者互相之间有不同意见，往往是以官职高低为准，这个不好。而在下面就更差，专职审案的只有通判。县里就只有县令审案，县丞协助，这不好。县令一般是进士出身，学的是文章诗词，又如何能精通法律呢？”
叶向高道：“下面也会有巡按御史，他们也可以审案的。不过陛下所说，倒是很有道理的。有些官员，只知道诗词文章，对于民政一窍不通，更不用说审案了。小民受了冤屈，确实无处可申。”
徐光启问道：“那陛下的意思是专门让一个部门来管理审案，然后这个部门在各府县设置机构专门管理审案，让县令之类的官吏不再管理审案的事情？”
朱由校道：“就是这个意思，朕的意思是让大理寺负责审案，都察院监督，刑部办案，三者各负其责。大理寺则在各省，府，州县都设立分支，这样就是所谓的垂直管理。”
几人很快就明白了垂直管理的意思，都觉得这个办法不错。叶向高问道：“既然陛下有这个想法，那就颁布圣旨，不就可以了吗？”
朱由校道：“光颁布圣旨有什么用呢？审理案件的人从哪里来？”
叶向高奇道：“原来不是有审理案件的县丞，通判，巡按御史吗？让他们都归入大理寺，然后派到下面不就行了吗？”
朱由校道：“这些人不专业，朕想要在吏员学堂先培养一批专门学法律的学员，然后再设置这样的机构，但是又觉得我们的律条有一些应该要修改才行，这样一来，要花大量的时间。朕粗略地算了一下，修改法律就算一年，学法律的学员就算三年，那也至少要四年的时间。而朕想越快实现这种制度越好，所以这个矛盾不知道如何解决，才来问众卿的。”
叶向高道：“陛下，臣知道陛下求全求好的意思。但臣以为，我们可以先改组机构，同时修改法律，招收学员。以前大家都是用县令审案，也没有出多大的漏子，难道这四年就不行了吗？”
徐光启也说道：“陛下，不要太着急，大明虽然有些问题，但总体上是好的。特别是我们现在已经完全控制住了辽东局势，我们的近卫军也在不断地成长，这就保证了整个国家的安全。老子云，治大国如烹小鲜，太急其实效果不一定好。臣等垂垂老矣，但看着我大明一天天变得更好，心里都很欣慰，陛下春秋鼎盛，必然会将大明打造成一个胜过汉唐的大帝国，何必要急在一时呢？”
朱由校有些不好意思地一笑：“是呀，朕心里很急。总想着一觉醒来，大明已经变成了朕希望的样子。年轻人还是沉不住气呀。”
叶向高笑道：“年轻人胜过老人的正是这一点，有冲劲，有想法，老臣等当初也曾年轻过，那时也想着要协助先帝将大明打造成一个国泰民安的帝国，结果却处处碰壁。慢慢地心就淡了下来，天幸在老臣等花甲之年，还能遇到陛下这样的明主，实在是大明的邀天之幸呀。”
孙传庭深有感触地道：“陛下登基不过四年多，而我大明在各方面都有着以前想都不敢想的进步，实在是天佑大明，降此圣主呀。”
朱由校笑道：“又来了。那就如叶师所言，下次的大朝会上听听大臣们的意见，然后进行改制。这大理寺在各地的分支就叫某某府州县法院，这样的名字应该可以让民众一目了然地知道它的功能。里面的官吏就叫法官如何？”
在下一次大朝会上，各个部门都报告了这一周时间里的基本情况后，朱由校说道：“朕准备将有些部门的职责范围调整一下，想听听众卿家的意见。”
孙传庭出列道：“大理寺专门负责审理案件，并于各省府州县设立分支机构。刑部负责缉拿凶犯，提供其犯罪证据。都察院负责监督大理寺与刑部，防止有枉法之事。”
众臣一听，这是明显地削弱了刑部的职权，而增加了大理寺的重要性。以前虽然大理寺卿，都察院之都御史、通政使司之通政使与六部尚书拿称九卿，但一直都是弱于六部的，这样一改，就显得比刑部更重要了。
朱由校道：“所谓审理案件，指的是大理寺根据刑部提供的证据，按照大明的律条来给人定罪。他们只是判断此人是否犯罪，应该根据其罪行给予何种惩罚，这就要求他们非常熟悉大明律条。而我大明律条包括《大明律》、《明大诰》、《问刑条例》、《明会典》等。如此繁多之律令，他们都要熟悉，坚持按律审判。”
“而朕以为，可以将所有的律条重新进行编纂，制定出新的《大明律》，此事交由翰林院办理，但我们的法律中有一个原则，朕认为是否可以修改一下，那就是刑罚世轻世重的原则。”