元顺帝死后，皇太子爱猷识理达腊即帝位，是为元昭总。之后，他逃奔和林，改元宣光，元朝进入了北元历史。
朱元璋对北元，那是要往死里面打！真是不灭楼兰誓不还！
宣光元年，公元1371年，朱元璋命十五万兵，分三路，出击漠北！
中路的徐达出雁门趋往和林，东路的李文忠由居庸出应昌，西路冯胜由金兰趋甘肃！三路大军，实力惊人！
看来，朱元璋是想一举灭了北元了！
中路军由徐达统率，在土刺河打败扩廓帖木儿的军队。
随后扩廓贴木儿与元将贺宗哲合军，向徐达的主力发起进攻，但被徐达击败。不过，徐达所率明军也遭到毁灭性打击，明军死亡数万人。
李文忠所率东路军与北元兵在克鲁伦河、土剌河、鄂尔浑河一线受挫。
冯胜所率之西路军，在甘肃永昌、扫林山等地击败元军。出兰州，由亦集乃路至瓜州、沙洲，取得了一定的胜利。
这一次明对元的战争，西路军胜利，中路军失败，东路军失败，整体以失败告终。
明军由此退了回去，在短时期内不会再深入草原作战。
北元也就此争取了喘息时间，稳定了后方。
此后，朱元璋吸取此役受挫的教训，采用尺进寸取，专事经营沿边地区的方针，向辽东和青海方向延伸，得地后随即设卫，避免孤军深入漠北。
他的这个办法，使得北元诸王将士相继归附。
宣光五年，公元1375年，扩廓帖木儿病死漠北。
这一年纳哈出进攻辽东州城，屡被击败。
明朝在屡征元朝的同时，对主动投降和战争中被俘的大批北元贵族、官吏和军民，都给予优厚的待遇并予安置。
明朝的这个做法，就是希望借此招引更多的北元人马。
明初几十年间，确实有大量的蒙古人和汉人从北方跑到内地，成为明朝的臣民。
当然，明朝的最终目的是招降北元皇帝。
朱元璋对元昭宗孛儿只斤·爱猷识理答腊实行安抚，他对被俘的元昭宗儿子孛儿只斤·脱古思帖木儿非常好，封他为崇礼侯，不久，还将他送还漠北，并几次遣使给元昭宗送信，劝他及早归降。
公元1378年，孛儿只斤·爱猷识理答腊死去，其子孛儿只斤·脱古思帖木儿继任为北元皇帝，称乌萨哈尔汗，年号天元，继续保持对明朝两立的立场。
其丞相驴儿、蛮子、哈剌章和国公脱火赤等集军于应昌、和林扣掠塞下。
明朝多次召降不成，于天元二年，公元1380年派沐英率师出讨，战于亦集乃路，俘获其国公脱火赤、枢密知院爱足、平章完者不花等，其余众多降。
与此同时，明廷又开始对云南及辽东的经略，以翦除北元在此两地的势力。
据守云南的梁王把匝剌瓦尔密为元世祖忽必烈第五子忽哥赤的后裔，明兵取大都后与北元遥相呼应，执臣节如故，又两次杀害明廷的劝降使节。
朱元璋当下决定用兵，先灭云南梁王势力。
天元二年，公元1381年七月，朱元璋命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为副将军，远征云南。
明军在曲靖击败司徒平章达里麻所将领精兵十余万，俘二万，后直取昆明。
梁王见大势已去带着妻、子一同投滇池自杀。
左丞达的、右丞驴儿均自杀。
蓝玉、沐英相继攻取大理等地，平定云南。
天元二年，公元1381年，纳哈出率二十万元军驻扎金山一带，始终没有受到很大的军事冲击。
这支强大的势力，成了明朝攻打北元时的掣肘之患。
天元九年，公元1387年，朱元璋以冯胜为大将军，与傅友德、蓝玉等率兵二十万出征东北，明军步步为营，修筑宽河、会州、富峪、大宁四座城，用以存积粮草。随后，大军直趋金山。
明军压境，纳哈出深感不安。
这时，明军派来了使者，劝他投降。不久，纳哈出的部将全国公观童向明称臣。
纳哈出经过一番犹豫动摇，最后决定投降了。
他二十万部众，除一些逃散的之外，都作了俘虏，其中仅官员将校就有三千三百多人。
纳哈出被朱元璋封为海西侯。
自此，辽东尽属明有，漠北与高丽的联系亦被阻绝。
纳哈出率部投降，使形势发生了巨大的变化，让朱元璋觉得是时候灭了北元了！
他立即命蓝玉为大将军，征讨下一个更主要的目标——元昭宗爱猷识理达腊的之子脱古思帖木儿。
他认为肃清沙漠，在此一举，因此要求蓝玉勿失时机，必取成功。
天元十年，公元1388年三月，蓝玉率师十五万北进。
四月，到捕鱼儿海，距离脱古思帖木儿营地不过百余里路程。
脱古思帖木儿以为明军与纳哈出作战不久，粮草匮乏，不会深入北方再战，没有作迎敌的准备。
而明军前锋奔袭他的大营之时，恰好风沙弥天，几十步外不见人。
这时，明朝兵马的突然出现，使得脱古思帖木儿根本不能作有效的抵抗。他的手下太尉蛮子仓促上阵，很快战败被杀。
脱古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向，行至土剌河一带，为其部将也速迭儿所缢杀，捏怯来、失烈门南下，投降明朝。
经此一役，乌萨哈尔汗的次子地保奴、嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头，以及大量印章、图书、兵器、车辆，都被明军俘获。
这一战，也成就了蓝玉的丰功伟绩，成为了名将。
这一战，也使得了成吉思汗家族，丧失了在蒙古人中至高无上的中央汗国的地位，不再成为皇族，因为，大多数蒙古部落宣布脱离成吉思汗家族而独立。
布里牙特·乌格齐在公元1402年杀死元昭宗爱猷识理达腊的儿子尼古埒苏克齐汗孛儿只斤·额勒伯克。之后，布里牙特·乌格齐立尼古埒苏克齐汗之子孛儿只斤·坤帖木儿继位，北元江山易主。
之后，蒙古建立起来的国家，不再是元朝，而是鞑靼和瓦剌，它们也成了困扰明朝多年的后患。