朱翊钧继位为帝后，因为年纪的原因，国家大小事务都交给了张居正处理，至于内廷的事务，就托给冯保。
他对张居正不仅委以重任，而且尊礼有加，言必称“元辅张先生”，或“张先生”，从不直呼其名。
当然，这和陈太后有关系，因为，陈太后和张居正的关系非常好，好到了超出了上下级关系。
我们从后来朱翊钧对张居正的痛恨，可以推理出来，张居正很可能泡了陈太后。
朱翊钧从思想上到行动上，全力支持张居正，合力进行改革，推行万历新政。
政治改革的主要措施，我们上面说过，这里不再说。
要说一说的是，随着朱翊钧的长大，他意识到张居正的权力过大，“几乎震主”，但是，人家已经成了气候，他也没办法。
张居正要是单单把持权力治国，那也就算了，可是，他的权力大到要控制皇帝！
万历七年，公元1579年，朱翊钧向户部索求十万金，以备光禄寺御膳之用。
张居正上疏据理力争，言明户部收支已经入不敷用，“目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆场意外之变，何以给之？”
他要求朱翊钧节省“一切无益之费”。
结果，朝廷不仅免除了这十万两银子的开支，连宫中的上元节灯火、花灯费也免除了。
在张居正的力争下，还停止重修慈庆、慈宁二宫及武英殿，停输钱内库供赏，节省服御费用，减苏松应天织造等，甚至，因为害怕浪费灯烛，将朱翊钧安排在晚上的课程改到了白天。
纂修先皇实录，例得赐宴一次。
张居正参加篆修穆宗实录，提出辞免赐宴。他说：“一宴之资，动之数百金，省此一事，亦未必非节财之道”。
张居正管着皇帝，太后也管着皇帝。
她要返回慈宁宫的是，告诉张居正说：“我不能朝夕看着皇帝，担心他不像从前那样求学、勤于政务，有负先帝的嘱托。先生负有师保的职责，与大臣们不同。你替我朝夕教诲，用德辅佐我，尽你与先帝凭几的友谊。”于是，赏赐张居正坐蟒官服、白银、彩币。
不久，张居正遭遇父亲丧事。
太后还要皇帝派遣司礼宦官慰问他，送给他粥药，劝张居正节哀。
皇家对张居正这么好，其他人就更不用说了，问候的人在道路上络绎不绝，三宫赠送的丧礼礼品很丰厚。
户部侍郎李幼孜想阿谀居正，倡议丧期未满、强令出仕，张居正业为此动心。
冯保也坚决挽留张居正。
众翰林王锡爵、张位、赵志白牛、吴中行、赵用贤、习孔教、沈懋学等都认为不行，张居正不听。
吏部尚书张瀚因为滞留了皇上劝张居正留任的圣旨，被驱逐。
御史曾士楚，给事中陈三谟等接着上书请求挽留张居正。
吴中行、赵用贤和员外郎艾穆、主事沈思孝、进士邹元标相继争议此事，都被处以廷杖责罚，分别遭贬职。
这时有彗星从东南方出现，与天长长相连。
人情激昂，目光都指向张居正，以至于在交通要道悬挂诽谤书。
皇帝下诏告诫群臣，再论及此事的人格杀无赦，诽谤才终止。
朱翊钧派张居正的儿子编修张嗣修与司礼太监魏朝骑快马代替张居正主持丧葬，礼部主事曹诰负责祭祀，工部主事徐应聘负责葬礼。
张居正上奏请求不上朝，穿青衣、白孝服、角带进内阁主持朝政，讲读经书，并且奏请辞谢年薪。
皇帝同意了。
张居正就这样回到朝廷，“多情”成功。
张居正固然是保住了地位，但是，他违背了一样东西，那就是礼法！
朱翊钧不久举行婚礼，张居正穿吉祥的服装行事。
给事中李涞说他违背礼仪，张居正发怒，把他贬为佥事。
这时朱翊钧对张居正很器重，经常赏赐居正御书，称他为“元辅张少师先生”，用师礼待他。
张居正请求回乡安葬父亲，皇帝派尚宝少卿郑钦、锦衣指挥史继书护送，约定三个月时间，葬礼结束立即返回。
虽然如此，皇帝还是指令抚按大臣们提前策马前去送达皇帝的催促诏书信，铸“帝赉忠良”银印赏赐给他，如同杨士奇、张孚敬一样，得到密函论事的特权。
皇帝告诫次辅吕调阳等人“有大事不要专断，由驿马传到江陵，听任张先生处理”。
张居正奏请扩充内阁成员，皇帝下诏指令张居正推荐。
张居正就推荐礼部尚书马自强、吏部右侍郎申时行进入内阁。
马自强一向抵触张居正，没料想到此事，很感激张居正，而申时行与张四维都自觉与张居正亲昵。
张居正见内阁都是自己的人了，也就安心离去。
皇帝和两宫对他赏赐安慰有加，派遣司礼太监张-宏在郊外设宴为张居正饯行，朝廷众臣僚属列队相送。
张居正所有经过的地方，有司安排好食宿，整治道路。
辽东奏报大捷，皇帝又归功于张居正。
他派使者骑马奔告，让张居正确定封赏等次。
张居正条列分明地予以上报。
不久，朝廷又要张居正回去。
张居正称母亲年老不能经受炎暑，奏请等待清凉的时候上路。
内阁、两都院寺卿、给事中、御史都上奏章，请求促张居正迅速返回朝廷。
皇帝派遣锦衣指挥翟汝敬骑催快马迎接。
皇帝计日以待，指令宦官护卫老夫人在秋天从水路走。
张居正经过的地方，守备大臣都行长跪礼，抚按大吏越界迎送，担当前驱。他路过襄阳，襄王出来迎候，邀请张居正赴宴。
先例，虽然公侯拜见襄王也行臣子礼，张居正却受出迎和宴请的礼遇。
他经过南阳，唐王也如此。
张居正抵达京都郊外，皇帝下诏派遣司礼太监何进设宴慰劳，两宫也各派遣大宦官李琦、李用宣读谕旨，赏赐他八宝金钉川扇、御膳、饼果、酒，朝廷众官又列队迎接。
张居正进殿朝拜，皇帝诚挚地慰劳了他，批准他休十天假后再进内阁，赏赐他白银、彩币、宝钞、羊酒，顺道带他拜见两宫皇太后。
秋天，魏朝侍奉张居正的母亲上路，随从的仪礼煊赫，围观的人密集得像墙。
他抵达京城，皇帝和两宫皇太后又加倍赏赐财物，慰问张居正母子，几乎像对待自家人一样。