凌海将军陈奇策的身后之事办得极其哀荣，因老将军身前并无多少家财，所以周士相拿出3000两银子交与陈奇策长子陈士邦，以用于丧事。与此同时，老将军的遗奏快马送往钦州，由钦州的总督衙门递呈昆明，想必朝廷收到老将军遗奏后会有相应荫赏下来。
丧事结束后，按老将军生前心愿，其部水师正式改编为太平军的水师。周士相命吴远出任水师统制官，实授总兵衔；参将周胜及郑成魁出任水师副统制官，皆授副将衔。老将军的幕僚胡德玉出任肇庆知府，老将军长子陈士邦则出任新会知县，其余子弟周士相也都做了妥善安排，务求不让老将军部下有任何不满。
因老将军事先安排，加上主要将领都愿意依靠越来越强大的太平军，故而肇庆及新会水师的接收整编进行得很是顺利。经清点统计，凌海将军所部共有可用于海战的福船78艘，斗舰、海鹘、走舸等船68艘，此外四百料战座船、四百料巡座船35艘、哨船、沙船等内河船只78艘，另尚有数十艘在建。水师官兵7850人，总兵以下将校52员。
老将军的部下中，参将周胜和郑成魁在老将军尚在之时就曾进言接受太平军改编。前者和清军有灭门之仇，平生所愿便是杀进北京城灭他爱新觉罗全家，因此早想加入屡胜清军的太平军；后者则是在和周士相的合作中亲眼目睹了太平军是如何摧枯拉朽一步步壮大，又是如何全歼济度大军，故而亦有投靠之心。
从前太平军没有崛起时，周胜和郑成魁跟着老将军在沿海抗清，虽然水师规模大，战斗力也强，也屡屡重创清军水师，可却因无陆战之力而无法在陆地立足，只能被清军赶到海外孤岛苦苦坚持。没有一块稳定的地盘，水师便没有固定粮饷来源，朝廷又早就不管他们这些水师，广东的总督衙门也开不出钱粮来，这便让广东各部水师难以维持。
在上下川岛时，凌海将军部下水师将士因为无粮，甚至将战船改作渔船出海打鱼为生。那些时日，水师上下对于前途都是绝望，直到老将军毅然决然带领他们前往新会。自那以后，水师发生了天翻地覆的变化，先是得了新会城立足，后又是取了肇庆。水师的战船越来越多，士卒也是越来越多，地盘也是越来越大，士兵们再也不会因为没有吃的而将战船开出去打鱼。
这一切，都是怎么得来的，水师上下无不清楚，所以对于强大的太平军，他们打心眼里亲近且愿意加入的，毕竟这年头，只有加入强大的一方才能吃饱肚子，活下去。将领们或许还有其他心思，封功荫子，名扬千古什么，士兵们却是单纯，吃饱肚子再报仇，谁能带着他们报仇，他们就替谁卖命。
新会之战时，吴远是记名总兵，占领肇庆后，老将军为他请功，朝廷来了旨意，实授吴远为广东水师总兵官，隶凌海将军属。
吴远没有劝过老将军加入太平军，但也不反对此事，他是老将军当年收养的孤儿，跟着老将军二十多年，很大程度上将自己看作了老将军的私兵私将。若是老将军生前没有作安排，吴远或许也会考虑自立门户，毕竟接受别人指挥和自己独领一军，还是有着本质的不同的。
宁为鸡头不为凤尾，太平军没有水师，今后很长时间也将继续依靠他，且自己又是朝廷实授的广东水师总兵官，所以从前老将军能从太平军得到的好处，今后他吴远一样也能得到，甚至得到的更多。可现在老将军已经作了安排，吴远便息了那份自立门户的心思，他也知道，若自己一心孤行，恐怕下面的人也不会答应，至少周胜和郑成魁说不定就会带着船直接跑周士相那里去。于其自家内讧分家，倒不如大家一块跟着周士相干，这样水师也能保持团结，将来周士相真要亏待他们，大伙也能拧着一条绳跟他干。
胡德玉从前是台山知县，清军入广东后便投奔老将军，一直做着幕僚事。他是有气节的，要不然也不会风餐露宿的跟着水师天天在海上吃苦。他也没有权利之心，要有，当年只怕早早降了清，十多年下来，在清廷那边怎么也能做到知府，混得好的话，说不得也能捞个巡抚做做，何必跟着快要完蛋的朱明等死呢。
胡德玉忠心大明，也一心为老将军谋划，所以当初老将军决定来解新会之围时，他也劝过，后来也为缴获的战利品和粮食等事和周士相的手下争过，所为却不是饱他胡德玉的私囊，而是为了老将军及其麾下的数千水师官兵。
老将军的死让胡德玉很难过，但他知道眼下最要紧的是什么，老将军临死前都在想着勤王救天子，身为他的幕僚，又是大明的臣子，胡德玉便放下心中哀伤，竭力配合周士相整合水师，也欣然接受周士相所委的肇庆知府一职。哪怕他知道周士相并没有委任知府的权限，也依旧坦然受之，所虑不过是想尽早安定肇庆局面，筹备西征勤王事。
水师整合完毕后，周士相又拨银8万两扩大肇庆造船厂的规模，命船厂在八月前尽量多打造沙船出来，又命郑成魁带一支船队先行沿柳江上溯至广西境内探寻水道，侦测水文，为太平军大举西进做好准备。
肇庆除了老将军这一支力量外，还有一支力量，却是镇国将军朱统。镇国将军为武官正一品，郡王长子称王长子，次子以下则皆为镇国将军，再有子弟则为辅国将军。
朱统是宁献王九世孙，清军入关以后，大多数宗室选择向清军投降，如当年在杭州投降的潞王朱常淓等人。朱统却坚决不向清军投降，自散家财募义勇抵抗清军，和在台山坚持抗清的唐王朱韦锷一样，都是至死不降的宗室典范。
朱统自散家财坚持抗清的事迹让周士相很钦佩，可真正和这位镇国将军打交道，周士相却总觉得自己很吃亏。因为这位宗室实在是个异数，不论做什么事，他都不肯吃亏，精于计较好像个商人般。在和他商谈其部整编时，朱统表现出来可不是精明，而是近乎贪婪，或者说狮子大开口了。
陈奇策的水师被周士相收纳后，朱统就知道太平军接管肇庆再所难免，他无法拒绝太平军对肇庆的接管，所以他精明的选择配合。左右他麾下不过三四千兵，能打的战兵实则只几百人，真要不配合，不用周士相动手，陈奇策的那些部下也能吃了他。
实力弱小不代表朱统就甘心任由周士相摆布了，他摆出宗室的架子，开口就跟周士相要两镇兵建制。这两镇兵不但要周士相给人给钱给粮，还要给军械。
周士相觉得朱统真是有些无耻了，可对方摆出一幅忠心为国的样子出来，且大摆宗室架子，他这兴平伯还真不好得罪于他，更不好用武力逼他就范，只能拿出耐心与对方好生商量。最终一番讨价还价下来，朱统满意的为自己争取了原本他就想好的条件——一个镇的建制。
周士相给了朱统所部一镇建制，定编为太平军第八镇，除其所部四千兵外，又从水师擅陆战的兵座抽调了千余人，再加上郭之奇曾经在沿海招募的那两千义勇，总算是凑齐三个旅。又从第三镇和兵备讲习所抽了100个低级军官配到这个镇，命其驻防肇庆。
肇庆的事情大致用了半个多月时间方理清，在这段时间，周士相相继给驻各地的明军将领发去请贴，请他们来肇庆协商勤王事。贴子一共发出20多份，回贴表示愿意来的却只7个人，其余不是说要等总督衙门命令，便是找借口推说不肯前来。而钦州的总督衙门和高州的四府巡抚那边却是连个回贴都没有。
周士相很生气，他决定武力解决。