从南京败退回到金厦后，郑军的实力仍然很强大，虽然精心训练了几年的陆兵损失很大，尤其是铁甲兵基本损失怠尽，但水师却是损失不大。然而这次北伐却消耗了金厦数年积蓄，郑军有效控制的沿海岛屿根本再无法支撑这么一支庞大军队的后勤供应，故延平王尚在崇明时就开始考虑进军东番，以求为金厦军民获取一块能够稳固的根据之地。
回到厦门后，原弘光朝太常博士、永历朝太仆寺少卿沈光文自东番归来，向延平王进言：“金门寸土，不足养兵；厦门丸城，奚堪生聚？”
又有在东番热兰遮任荷兰东印度公司台湾评议会通事长十几年的汉人何斌来投，献上了一份秘密地图，标明船舰如何航行才能绕过荷兰炮台在鹿耳门登陆，另外何斌在逃离台湾之前曾经暗中派人测量了进入大员湾的鹿耳门水道。沈光文的进言和何斌的来投促使延平王下决心收复东番，他召集诸将军议，将出兵东番之事与诸将说了。
“天未厌乱，闰位犹在，使我南都之势，顿成瓦解之形。去年虽胜达虏一阵，伪朝未必遽肯悔战，则我之南北征驰，眷属未免劳顿。何廷斌所进东番一图，田园万顷，沃野千里，饷税数十万。造船制器，吾民鳞集，所优为者。近为红夷占据，城中夷伙不上千人，攻之可垂手得者。我欲平克东番，以为根本之地，安顿将领家眷，然后东征西讨，无内顾之忧，并可生聚教训也。”
延平说完，原以为诸将定为响应于他，不想大半将领都是心存疑虑，一个个面有难色。
宣毅后镇将吴豪起身道：“藩主，末将去过东番几次，红毛夷在那里修的炮台甚是厉害，水路又险，实是不利进军。再者东番和我闽地风水不同，我等皆大陆之人，若去东番，只怕水土不服。”
吴豪的意见很明显，他不同意去和占东番。宣毅前镇将黄廷也道：“东番那地方，听人说是很大，但我等大多都未过去看过，不知情形是否属实。红毛夷的炮火虽厉害，这个却是不怕的，只是我们的海船太大，若进东番则必须在红毛夷的炮台前过，这不是听任红毛夷打吗？”
两个大将的发言让延平王眉头微皱，这时建威伯马信却开口说道：“藩主考虑的是咱们金厦太小，军民又多，难以凭之久拒鞑子，所以想先固根据，再壮枝叶，此是万全之策。我马信是北人，对东番虚实不知，但以人事而论，蜀地还有高山峻岭，兵将尚可攀藤而上，卷毡而下；长江有铁缆横江，都可用火烧断，所以红毛夷虽桀黠，布置周密，难道真没办法破他们？....今我军在南京失利，军心影响极大，将士们都担心金厦立不住，故信以为，不如派一军前往探路，倘可进取，则并力而攻；如果红毛夷真的利害，不利进取，那咱们再作商量，亦未为晚。”
马信所言甚是中肯，延平听后点头道：“马信所言，因时制宜，见机而动之论，甚稳妥。”
不过闽地出身的将领还是出言反对，各将议论不一。不同意出兵东番的比同意的要多，有将领更是提出和廣東联兵合取fj这怎么也要比去东番，远离大陆要强。有将领更是心下担心，去了东番，还如何抗清，如何复兴大明？
原兵部尚书唐显悦、兵部侍郎王忠孝、折江巡抚卢若腾三人坚绝不同意延平去东番，认为收复东番的目的是脱离抗清前线，仅从郑氏一家私利考虑取远离大陆的台湾为安身立命之所，是无意复明的表现。但他们不敢直言，便以吴豪和黄廷意见为肯，认为不可去东番。
参军陈永华见诸将和官员们不同意藩主意见，思虑片刻，道：“世上之事，做了才知能不能成，不做如何知成不成？先尽人事，再听天命。吴、黄二位将军所言，是身经其地，细陈利害，乃守经之见，亦爱主也，未可为不是。但建威伯所言，大兴舟师前去，审势度时，乘虚觑便，此乃行权将略也。所以我以为，不若先尽人事，成与不成，都由藩主决断。”
协理五军戎政杨朝栋支持陈永华之见，认为收复东番此举可行。杨朝栋是郑鸿魁旧将，在军中素有影响，他支持出兵东番，使得不同意的将领开始动摇。延平趁机起身拍板定下此事，不容诸将再议。
延平的意图为取东番为复明基地，而不是全军撤往东番，自绝大陆。所以金厦及南澳一带的岛屿不能失去。为此他决定亲自统率主力出征台湾，命忠勇侯陈霸防守南澳；派郭义、蔡禄二镇前往铜山会同原镇该地的忠匡伯张进守御该岛，必要时策应守南澳的陈霸部；留户官郑泰和参军蔡协吉守金门；洪天祐、杨富、守南日、围头、湄州一带，连接金门，以防北面来犯之敌。
最后，延平决定世子郑经守厦门，辅以洪旭、黄廷等将，与洪旭之子洪磊、冯澄世之子冯锡范、陈永华之侄陈绳武三人调度各岛防守事宜。
延平向来果断，威信又重，诸将只得奉令。延平下令全军立即大修船只，只等年后出兵东番。然就在军议后的第六天，却传来了南都被太平军光复的消息。紧接着南都就有周士相的使者前来，告诉延平，甘辉、余新等郑军将士已被解救，此刻正在江南和清军战斗。周士相邀延平再入长江，两军会师南都，共奉唐王号令天下，驱逐满鞑。
南都光复的消息令得金厦军民为之欣喜鼓舞，失利的颓丧一扫而空，两岛鞭炮之声日夜不绝。鲁王朱以海在病榻上闻讯后，泪流满面，要世子朱弘桓扶他起来向着孝陵方向长跪。宁靖王朱术桂、泸溪王、巴东王等明朝宗室亦是激动，一个个在那如小孩般又跳又喊。
延平藩下诸将磨拳擦掌，便要再入长江和太平军会师南都。然延平却迟迟未有下令各军再入长江，这让宗室和诸将们都是困惑。已有更确切的消息传来，苏松提督马逢知都扯旗反正归明，正在攻打折江的闽浙总督赵国祚和折江巡抚佟国器，何以藩主却还按兵不动，便是不入长江和太平军会师，也当发兵大陆，攻取湢踺啊。
诸将困惑时，延平却接待了达素派来的使者。